החורף בקיוטו קר ויבש יחסית, עם טמפרטורות של 3 עד 12 מעלות בדצמבר שיורדות לכדי 1 עד 9 מעלות בינואר, החודש הקר ביותר. לעתים יורד שלג קל שמכסה את המקדשים והגנים במעטה לבן מרהיב, במיוחד באתרים איקוניים כמו פביליון הזהב

הסתיו מתחיל עדיין חם בטמפרטורות של 19 עד 29 מעלות בספטמבר ומתקרר בהדרגה ל-8 עד 17 מעלות בנובמבר, עם אוויר צלול ויבש. זוהי העונה היפה ביותר בקיוטו לצד האביב, עם שלכת עלים מרהיבה בצבעי אדום וכתום במקדשים ובפארקים, במיוחד בנובמבר.

הקיץ בקיוטו חם ולח מאוד, עם טמפרטורות שנעות בין 18 עד 27 מעלות ביוני ומגיעות לשיא של 23 עד 33 מעלות באוגוסט. יוני הוא חודש הגשמים עם לחות גבוהה, בעוד יולי ואוגוסט חמים ודביקים במיוחד, כאשר קיוטו, בהיותה ממוקמת באגן בין הרים, לוכדת את החום והלחות.

האביב בקיוטו מתחיל קריר בטמפרטורות של 4 עד 13 מעלות במרץ ומתחמם בהדרגה עד 13 עד 24 מעלות במאי, עם אוויר רענן ונעים. זוהי עונת פריחת הדובדבן המפורסמת, עם גשמים קלים שמתגברים לקראת סוף מאי כאשר מתחילה עונת הגשמים.